Кандидаты с основаниями
Сравнение последовательностей и структур, проверка функциональных участков, прогнозы Foldiff и ThermoMPNN с явными расхождениями.
STRUCTURE → HYPOTHESIS → EXPERIMENT
Меньше перебора.
Больше оснований
для эксперимента.
Выберите первую серию вариантов для стабилизации фермента. Сопоставьте структуры, прогнозы и известные измерения — затем проверьте гипотезы в лаборатории.
Проверить на примере ↗AlphaFold DB · UniProt · FireProtDB
Расчётные основания и экспериментальный результат — рядом.
01 / СТАБИЛЬНОСТЬ ФЕРМЕНТОВПрогноз требует проверки в лаборатории
ЧТО ПОЛУЧАЕТ ЛАБОРАТОРИЯ
От структуры — к плану измерений
Первая серия вариантов
Выбор одиночных замен, контроль WT и повторы. Проекты комбинаций и праймеров с ограничениями и экспортом для проверки.
Измерения и следующий шаг
Ввод результатов или CSV, сравнение с WT и отдельный контроль активности. Для pH — кривая и наблюдаемый максимум.
ГОТОВЫЙ ПРИМЕР
Субтилизин и термитаза
В сохранённом примере 150 различий проходят структурные и функциональные фильтры. Восемь кандидатов остаются для экспериментального выбора; по части вариантов предикторы расходятся.
Разобрать пример ↗Белок клиента↓Сравнение и проверка↓Кандидаты с основаниями↓Лабораторная серия↓Измерения → следующий шаг
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ
Исследовательский инструмент для ферментов
Когда полезен
Когда известен белок, есть подходящая структура и нужно обоснованно выбрать варианты для первого опыта. Рабочая область также помогает сравнивать гомологи и планировать измерение активности по pH.
Что подтверждает лаборатория
Реальный эффект замены, сохранение активности и перенос результата в ваши условия. Прогноз ΔΔG не переводится в гарантированный прирост температуры или активности.
ДЛЯ ЛАБОРАТОРИЙ
Один фермент.
Понятный критерий успеха.
Для пилота подготовьте белок, цель, условия применения, конструкт и метод измерений. Начните с публичной записи и готового примера.
Текущая исследовательская бета
Расчёт, план серии и разбор измерений доступны в приложении. Серии опытов сохраняются в браузере; CSV и JSON можно скачать, а JSON — вручную восстановить на другом устройстве.
Перейти в рабочую область ↗Совместный пилот обсудите в @oligoplan_bot. Состав, сроки и стоимость согласуются отдельно. Для конфиденциальных данных нужен отдельный кабинет лаборатории.
Частые вопросы
Сервис сам создаёт улучшенный фермент?
Он формирует кандидатов и основания для проверки. Конструкт создаётся и исследуется в лаборатории; эффект нельзя подтвердить одним прогнозом.
Нужно ли запускать AlphaFold?
Для поддерживаемых записей используются готовые структуры AlphaFold DB. Собственное предсказание структур для других последовательностей предусмотрено планом развития.
Можно ли вернуть результаты опытов?
Да: вручную или через CSV. Сервис рассчитывает средние, разброс и разницу с WT. Автоматического переобучения на загруженных измерениях пока нет.