Сравнить и проверить
Выравнивание последовательностей, суперпозиция структур и фильтр уверенности pLDDT. Функциональные сайты исключаются из списка кандидатов.
STRUCTURE → HYPOTHESIS → EXPERIMENT
Меньше перебора.
Больше оснований
для эксперимента.
Выберите мутации для первой серии опытов по стабилизации фермента. Сравните структуры, разберите риски и подготовьте проект конструкта.
Исследовать белок ↗AlphaFold DB · UniProt · FireProtDB
Воспроизводимый расчёт. Проверяемые гипотезы.
01 / СТАБИЛЬНОСТЬ ФЕРМЕНТОВПрогноз требует проверки в лаборатории
РАБОЧАЯ ОБЛАСТЬ
От вопроса — к первой серии опытов
ГОТОВЫЙ ПРИМЕР
Субтилизин → термитаза
3D-просмотр недоступен. Данные расчёта и экспорт работают.
Вид
Фон
КАК ПОЛУЧЕН ВЫВОД
Каждая рекомендация
должна иметь основание.
Мы разделяем геометрию структуры, прогноз стабильности и экспериментальные сведения. Отсутствие данных не превращается в подтверждение.
Ранжировать гипотезы
Основной отбор — линейная модель Foldiff. ThermoMPNN, если установлен, добавляет независимый прогноз. Расхождения показываются отдельно.
Подготовить проверку
Пространственные контакты, проекты праймеров, экспорт данных и параметры расчёта. Эффект мутаций и комбинаций подтверждается экспериментом.
Метрики модели и ограничения
Precision@20 — доля стабилизирующих замен среди двадцати верхних предсказаний на сохранённых сплитах. Эти показатели не гарантируют результат на новом ферменте. Модель не предсказывает прирост температуры, активности или оптимума pH. Пространственная удалённость не исключает эпистаз. Структуры AlphaFold являются предсказанными.
Сверка с FireProtDB — поиск известных измерений, а не независимая валидация модели, обученной на этой базе. Разные конструкты, нумерация и условия эксперимента требуют ручной проверки.
ДЛЯ ЛАБОРАТОРИЙ
Начнём с вашего
исследовательского вопроса.
Для пилота нужны белок, цель эксперимента, система экспрессии и, если есть, уже измеренные варианты. Результат — обоснованный план первой серии опытов.
ЧТО ВХОДИТ В ПИЛОТ
Задача → расчёт → проверка
Список кандидатов с основаниями и ограничениями. Разбор расхождений с известными измерениями. Проект конструкта на согласованной ДНК.
Публичная бета без регистрации
Лимиты текущего сервера показаны над формой
Только исследовательское применение
Обсудить пилот: @oligoplan_bot. Для конфиденциальных данных нужен отдельный кабинет лаборатории.