Выберите профиль: здесь появятся измеренная дозовая кривая и координаты источника.
Опухолевые и сопоставимые неопухолевые линии человека · 2D-культуры
CELLFATE · ОНКОЛОГИЯ
Клеток стало меньше.
Что изменилось?
Сравните число живых клеток с контролем и началом опыта. Проверьте ATP и отдельные маркеры, не принимая падение сигнала за доказательство гибели.
01Парные измерения
02Отдельные показатели
03Основания следующего опыта
Одна строка = один парный независимый повтор.Учебный шаблон ↓
Начните с симуляции двух культур
Искусственные данные для проверки метода, а не прогноз действия реального вещества.
Какие данные принимаются
Обязательные: series_id, cell_line (model ID / ID модели), compound, dose_um, time_h, replicate_id, control_id, control_count, treated_count. Живые клетки — целые неотрицательные числа; контроль больше нуля. Одна серия должна объединять сопоставимые культуры, методы и единицы.
Дополнительно: baseline_count; atp_control / atp_treated; annexin_control_pct / annexin_treated_pct; edu_control_pct / edu_treated_pct. Annexin и EdU — проценты из отдельно обработанных измерений. Изображения, FCS, омиксные и клинические данные не принимаются. До 10 000 строк и 256 условий.
ВАШ ЭКСПЕРИМЕНТ
Рост, число клеток
и сигнал метода.
Откройте пример или проверьте свои данные.
Точки — средние результатов парных повторов. SD и число пригодных пар — в таблице. Линии только соединяют измеренные дозы; подгонки IC50 и прогноза между точками нет.
Все сроки выбранной серии
Повторите расчёт
ZIP содержит входные данные, отчёт, результаты каждого повтора, код и контрольные суммы.
ДВЕ КУЛЬТУРЫ · ЯВНОЕ СРАВНЕНИЕ
Какая культура
отвечает сильнее?
Каждая культура сравнивается со своим контролем. Сопоставьте серию, вещество, концентрацию и время, затем сравните описательные результаты.
Откройте симуляцию двух культур либо загрузите данные и примените сравнение.
Положительная разность означает, что у неопухолевой культуры выше относительное число клеток или GR. Это не устанавливает значимость, избирательный механизм или безопасность для человека.
У обоих графиков одна вертикальная шкала. Пропуски остаются пропусками. Линии соединяют только наблюдаемые дозы.
Неопухолевая минус опухолевая
n и SD относятся к каждой культуре отдельно. Для разности средних не рассчитываются p-value и доверительный интервал. Автоматической парности между культурами нет.
PRISM · 19Q4 v4 · CC BY 4.0
Выберите кандидата.
Сохраните основания.
Опубликованные ответы сигнала девяти опухолевых линий. Это измерения исторического скрининга, а не прогноз для вашей культуры или доказательство избирательной гибели.
Ваш опыт и PRISM не объединяются: время конечной точки в этом срезе не указано; исходные повторы сведены, парного неопухолевого контроля нет.
Сортировка по наблюдаемому среднему относительному сигналу по логарифмическому диапазону доз: ниже — сильнее падение сигнала. Ранжируются только полные профили из восьми доз. Одному названию вещества могут соответствовать разные партии.
Мой список для обсуждения
До 10 измеренных профилей; сохраняются с проектом. Это не рекомендация лечения и не автоматически выбранный лучший препарат.
ПРОЗРАЧНЫЕ РАСЧЁТЫ
Что рассчитывается.
Что остаётся неизвестным.
01 · Число клеток
Nt/Nc сравнивает воздействие с контролем в конце; Nt/N0 — с исходным количеством. Уровень ниже контроля может отражать замедление роста. Уровень ниже начала — чистую потерю клеток, без определения механизма.
GR = 2^[log₂(Nt/N0) / log₂(Nc/N0)] − 1GR = 1 — рост как у контроля; 0 — нет чистого прироста; отрицательный — чистая потеря. Может превышать 1. Нужен растущий контроль; GR не выводится при росте контроля менее чем на 0,5 удвоения во избежание нестабильного деления.
Hafner et al., Nature Methods, 2016 ↗02 · Отдельные показатели
Отношение ATP = сигнал воздействия / контроля. ATP на клетку = отношение ATP / отношение живых клеток, только для сопоставимых культур. Изменения Annexin и EdU = процент воздействия минус процент контроля, в процентных пунктах. Среднее и выборочное SD считаются после эффекта каждой пары; пропуски не восстанавливаются.
Нет утверждений о статистической значимости, диагноза механизма, избирательности к опухоли и прогноза успеха лечения.
03 · Опубликованные профили
Относительный сигнал PRISM = 2^log2FC. Сохраняем нормализацию, коррекцию ComBat и медианное сведение источника. Ранжирование — интеграл наблюдаемых значений по log10 дозы методом трапеций, делённый на логарифмический диапазон. Это не подогнанная AUC из статьи. Повторному скринингу MTS010 дан приоритет согласно README источника.
PRISM Repurposing 19Q4 v4 · Broad Institute ↗04 · Область применения
Каталог включает девять опухолевых линий; для своих установленных человеческих 2D-моделей нужен паспорт. Проверки арифметики не устанавливают биологическую точность прогноза. Нет переноса на пациентов, другие линии или вакцины. Доступно описательное сравнение с неопухолевой культурой; биологическая точность прогнозов не установлена.
Проекты остаются в этом браузере. Сохраняйте JSON или ZIP. Контрольные суммы SHA-256 и точные координаты строк/столбцов источника включаются в список кандидатов.