pLDDT и PAE: как читать уверенность структуры AlphaFold

Две оценки отвечают на разные вопросы

Для моделей AlphaFold2 pLDDT задаёт локальную уверенность по аминокислотным остаткам на шкале 0–100. Он помогает оценить, насколько надёжно модель описывает конкретный участок. Высокое значение относится к ожидаемой геометрии, а не к температурной устойчивости белка.

PAE, predicted aligned error, выражается в ангстремах и характеризует ожидаемую ошибку относительного положения остатков при выравнивании по другой части модели. В многодоменном белке домены могут быть уверенно предсказаны каждый отдельно, но их взаимное положение — неопределённо.

Что показывает Foldiff

Текущая бета получает готовые структуры AlphaFold DB по идентификаторам. Собственный запуск AlphaFold в продукт не включён. В 3D можно выбрать ленту, поверхность или палочки, наложить гомолог и сменить подсветку: кандидаты, различия, отклонения, уверенность или функциональные участки.

На экране остаётся исходная структура референса. Выделенная точка кандидата помогает исследовать окружение, но не является заново рассчитанной структурой мутанта. Геометрическое наложение также не подтверждает одинаковую активность двух белков.

Зачем смотреть PAE вместе с pLDDT

EMBL-EBI рекомендует совместную интерпретацию этих оценок. При низкой уверенности в ориентации доменов вывод о контактах между ними требует осторожности. Диагональ PAE сама по себе малоинформативна: каждый остаток там сопоставляется с собой.

Модуль PAE в Foldiff помогает исследовать блоки структуры. Он не выполняет экспериментальную подгонку к карте крио-ЭМ и не доказывает границы доменов. Для интерпретации важны также последовательность, функциональные аннотации и конкретная исследовательская задача.

Мини-проверка перед выбором замен

1. Сверьте идентификатор, длину и исходную аминокислоту с вашей конструкцией.
2. Посмотрите уверенность именно в позиции и окружении замены.
3. Проверьте, не зависит ли вывод от неопределённого взаимного положения доменов.
4. Откройте функциональные аннотации; отсутствие аннотации не гарантирует безопасность вмешательства.
5. Сохраните структуру, отчёт и параметры расчёта для повторной проверки.

Эта последовательность действий помогает увидеть ограничения до заказа вариантов. Если подходящая запись отсутствует, текущая бета не должна создавать впечатление, что структура достоверно рассчитана «на месте».

Начать с готового примера

На странице примеров доступны субтилизин и лизоцим. Переключите подсветку, выберите позицию и сравните референс с гомологом. Это демонстрация возможностей анализа публичных записей, а не опубликованный результат клиентского пилота.

Оценки уверенности полезны для отбора гипотез. Окончательный ответ о стабильности и сохранении функции дадут сопоставимые лабораторные измерения.