ΔΔG и Tm: почему прогноз не переводится в градусы

Уточняйте показатель и соглашение о знаке

ΔΔG характеризует изменение свободной энергии при сравнении варианта и исходного белка. Разные публикации и инструменты могут использовать разные определения и знак. Поэтому число без соглашения о знаке, единиц и источника опасно интерпретировать само по себе.

В интерфейсе Foldiff используется соглашение «отрицательное — предполагаемая стабилизация» и единица ккал/моль. Температура плавления Tm отражает поведение белка при нагревании и зависит от условий измерения. Для лабораторной таблицы Tm сервис считает разницу средних между вариантом и WT; это не пересчёт энергетического прогноза.

Почему два предиктора могут не согласиться

Основной отбор Foldiff построен на линейной модели признаков замены и окружения. Второй канал ThermoMPNN использует нейросетевую модель. Они имеют разные представления белка и основания для оценки. В бете значения показаны рядом, без усреднения в единую «вероятность успеха».

Для S125D в сохранённом примере показаны −1,19 и +0,42 ккал/моль. Первое число поддерживает гипотезу стабилизации, второе — противоположное направление. Это полезный сигнал неопределённости. Сравните с найденными измерениями, а если их нет — включайте вариант в опыт осознанно.

Что проверять перед экспериментом

• Совпадает ли исходная аминокислота и нумерация в вашей конструкции.
• Не затронут ли функциональный участок и насколько уверенно описано окружение.
• Относится ли известное измерение к тому же белку, конструкту и условиям.
• Не переносится ли оценка одиночной замены на комбинацию без отдельной проверки.

Крупное отрицательное число не отменяет эти проверки. Ранжирование помогает распределить внимание, но не определяет вероятность коммерческого успеха. Отсутствие второго канала также не означает, что первый прогноз подтверждён.

Как оценить результат в лабораторной серии

Учебный пример: три измерения WT равны 54, 55 и 56 °C, а варианта — 59, 60 и 61 °C. Средние составят 55 и 60 °C, разница — +5 °C. Эти вымышленные значения показывают арифметику таблицы, а не результат испытания Foldiff.

Дальше проверьте отдельные измерения активности и воспроизводимость. В сервисе лидер должен пройти направление эффекта и установленный порог активности относительно WT. Статус «Лидер для повторной проверки» описывает этот фильтр, а не доказанную значимость различия.

Какой точности можно ожидать

Сервис пока не заявляет единый процент точности на всех ферментах. Метрики сохранённых выборок заметно различаются, а сверка с известной базой не заменяет независимый пилот. Для вашей задачи нужны новые измерения, сравнение с простым отбором и проверка переноса на белковое семейство.

Сохраните исходный отчёт и условия вместе с CSV и JSON серии. Это позволит повторить анализ и увидеть, какие гипотезы действительно подтвердились. Такой цикл полезнее, чем воспринимать каждый прогноз как точное измерение.